■ 2003년 12월 시장직 사퇴 관련
“선거법 위반 시비 걸려 명예롭게 퇴직 결단” 해명
 퇴임 때 “중앙정치 진출 위해” 공식적으로 밝혀

 ■ 당적 자주 옮기는 정치인 질의에 대해
“시 발전이해 여당들 영입 제안 받아들인 것” 설명
“출마 때 마다 유리한 당 선택 철새 정치인” 지적

 ■ 미군기지 평택이전 대응 관련
“재임 중 미 2사단 이전 반대…사퇴 후 결정된 것”
 시장 퇴임전 미 2사단 이전 공식 발표된 바 있어

 평택항 경계분쟁 패소 책임소재 관련
“퇴임 전 헌재재판관 만났을 땐 평택에 호의적 반응”
“가장 중요한 때 시장 물러나 대응 못해” 비판 많아

15일 열린 민주당 김선기 시장 예비후보 기자간담회에서는 2003년 12월 시장직 사퇴, 당적 이동, 미군기지, 평택항 경계문제 등에 대한 기자들의 질의가 쏟아졌다.
가장 논란이 큰 사안은 2003년 12월17일 시장직 공식 사퇴가 총선 출마를 겨냥한 사퇴였다는 질문. 김 예비후보는 이 질문에 대해 한마디로 국회의원 선거에 출마하려고 한 시장직 사퇴가 아니었다고 일축했다.
김 예비후보는 “2002년 6월 지방선거에서 시장에 재당선된 뒤 공직선거법 위반이 본인이 한 것이 아니고 담당 직원들이 한 것으로 본인과는 상관없었고 2008년 6월에 선거법 위반 위헌 판결을 받았다”고 강조했다. 또한 이와 관련 “지역정치권이 시민과 지역을 위해 서로 상생해야 하는데 표적을 삼아 위해를 가한 것이며 앞으로 이런 일이 없었으면 한다”고 전했다.

하지만 2003년 12월17일 퇴임식 전날이 16일 오후 시청상황실에서 김 예비후보는 당시 “시 발전을 위해 중앙 진출의 결단을 내렸다“면서 시장직 사퇴가 총선 출마를 위한 것이라고 공식적으로 밝힌 바 있다.
김 예비후보는 이날 2004년 4월15일 제17대 국회의원 선거에 출마하기 위해 시장직을 사임하겠다고 전격 발표함에 따라 당시 끊임 없이 제기됐던 총선출마설에 확실한 종지부를 찍은 바 있다.
대시민 사퇴 성명에서는 “남은 임기를 채우는 것도 중요하지만 평택시의 더 큰 발전을 위해 중앙으로 진출해야 한다는 시민들의 성원에 힘을 얻었다”면서 “오랜 기간 많은 고민 끝에 어렵게 결단을 내렸다”고 밝혔다. 또한 6개월의 행정공백에 대해서는 “행정운영에는 기본적으로 차질이 없다”면서 “미군기지 이전 현안은 시에서 요청하는 대로 방향을 설정, 국방부에서 법안을 만들어 시 요구내용이 다 들어가 있다”고 말했다.

여러 번 당적을 옮긴 철새정치인 아니냐라는 지적에 대해서는 “6년 동안 무소속으로 있다가 새롭게 다시 시작하는 마음으로 민주당을 결정한 것이지 당을 옮긴 사항은 전혀 아니다.
선거 3번 치르면서 여당들의 영입케이스가 되어 지역을 위하고 당면 사항을 해결하기 위한 영입이었다. 민주당은 개혁적 보수·합리적인 성향으로 민주당의 이념과 본인의 성향이 적절하다고 생각한다”고 해명했다.
김 예비후보는 1기 때는 신한국당, 2기 때는 자민련, 3기 때는 한나라당의 당적을 갖고 있었으며 이번에는 민주당의 시장 예비후보로 되어 있어 일부 시민들 사이에서는 당적을 자주 바꾸는 철새 정치인이라는 비난을 받고 있다. 

2003년 재임시절 중 미군기지이전과 관련해서는 미8군만 이전하는 것으로 얘기됐었고 미2사단 이전에 대해서는 반대했다면서 미2사단은 본인이 사퇴한 다음해 10월에 내려오는 것으로 확정됐다고 밝혔다. 따라서 당시 수도권정비계획법과 아산만광역개발이 서로 상충되는 상황이었기 때문에 수도권정비계획법에서 제척, 지금 상황보다도 더 좋은 조건으로 지역개발을 끌어낼 수 있었는데 대처방안 기회를 놓친 것으로 본다고 전했다.
하지만 김 예비후보의 주장에 대해서도 설득력이 부족하다는 의견도 있다. 1989년 미용산기지 이전 기본계획 합의 후 2001년 12월 미용산기지 이전 논의가 재개됐고 2003년 4월 미용산기지이전 추진계획이 공개됐다.

2003년 6월 경기도의 151만5151㎡ 규모 국제평화 도시건설 계획이 발표되고 같은 달 27일 한미 국방장광 공동 합의문 발표에서 한미국방장관은 미국에서 용산미군기지의 평택 조기 이전에 합의하고 미2사단도 LPP에 이전키로 한 시설은 연말부터 한수이남(평택)으로 이전한다고 공식 발표한 바 있다. 
2004년 9월 당진군에 패소한 평택항 경계분쟁에 대해서는 사퇴 전 달인 2003년 헌재 재판관 5명이 평택으로 방문 현장 검증을 했을 때 평택시 홍보관에서 브리핑을 했을 때 재판관들이 평택시와 시장의 논리가 맞는다고 했다면서 본인 재임 시에는 분위기가 좋은 상황이었다고 밝혔다. 이후 지역정치권의 고발 때문에 사퇴를 했었고 고발 사건이 없었다면 평택항 경계문제도 괜찮았을 것이라고 주장했다.

하지만 일부 시민들은 평택항 경계문제를 대처하기 위해 가장 중요한 시기였던 6개월이 평택시장이 사퇴, 선거를 다시 치러야 하는 관계로 시장이 공석인 상태에서 앞뒤로 제대로 대처하지 못했다는 문제점을 지적했다. 따라서 행정의 연속성에서 빈틈이 생긴 경우로 전 시장이나 현 시장이나 이에 대한 책임을 면할 사람을 아무도 없다고 질타했다.